"Doraemon y los Caballeros Enmascarados" nos conduce a un universo bajo la superficie de la Tierra habitado por animales prehistóricos y por los descendientes evolucionados de los antiguos dinosaurios.

¿Existen aún los dinosaurios? Esta es la pregunta que se hacen nuestros amigos. Suneo está convencido de que desaparecieron hace millones de años pero, para su sorpresa, acaba de ver uno en el río. Mientras, Nobita ha urdido un plan para hacer desaparecer las malas notas que ha obtenido en el colegio. Para ello, usa uno de los inventos de Doraemon que le conduce a una inmensa cueva bajo Tierra con la intención de que nadie encuentre sus exámenes. Pero la gruta es tan sólo la antesala de un impresionante mundo escondido que se extiende más allá de lo que alcanzan a ver.

En este universo bajo la superficie, Suneo descubre que los dinosaurios aún existen y viven en grandes manadas. Pero no sólo eso, también conoce a otros seres más evolucionados que descienden de los grandes reptiles: los hombres-dinosaurio. Cuando el resto de la pandilla descubre que Suneo se ha perdido en la cueva, deciden ir en su búsqueda bajo la superficie. Allí conocen a Banho, un joven hombre-dinosaurio que les conducirá al lugar en el que se encuentra su amigo. Banho es un miembro del departamento de protección de animales primitivos, que se encarga de preservar la existencia de los dinosaurios.